1944 i det fascistiska Spanien, där Francos soldater försöker utplåna de sista i motståndrörelsen. Carmen är gravid och har gift om sig med den hänsynslöse officeren Vidal, och tillsammans med sin unga dotter Ofelia förflyttas hon till arméns basläger i bergen. Den fantasifulla Ofelia söker fristad i en uråldrig labyrint i närheten och möter Pan - en faun som påstår att hon är underjordens förlorade prinsessa som måste genomgå hårda prov för att åter kunna ta plats på tronen.