Broder William (Sean Connery) och hans adept, sextonårige Adson (Christian Slater), är franciskanermunkar på väg till avlägset kloster på toppen av ett berg.

Ett möte bestående av hängivna män från kyrkan ska diskutera och ta ställning i en rad komplicerade teologiska frågor. William hinner knappt installera sig i sin klostercell förrän helt andra problem pockar på uppmärksamhet.

Mord och intriger skakar klostret och William ombeds av abboten att försöka nysta upp den mystiska härva som omger en ung munks död.