Die 5. Staffel dreht sich um Yami Yugis Vergangenheit. In Ägypten wird er von Yami Bakura zu einem ultimativen Spiel der Schatten aufgefordert, in dem sich die Ereignisse des alten Ägyptens wiederholen. Nachdem er sein Gedächtnis wiedergefunden hat erfährt er unter anderem, dass sein richtiger Name Atem(u) lautet. Er zerstört mit Hilfe einer Fusion der drei Göttermonster die Personifizierung des Bösen Zorc/Yami Bakura. Nach Rückkehr in die Gegenwart muss Atemu in einem letzten Kampf beweisen, dass er und Yugi bereit sind getrennte Wege zu gehen. In einem zeremoniellen Duell muss Yugi es schaffen ihn zu besiegen. Durch die Erfahrung die er dem Pharao zu verdanken hat gelingt dies Yugi auch. Er erhält den Titel König der Spiele und Atemu kehrt in die Ahnenwelt ein. Nach dem Abschied stürzt das Grabmahl in dem das Duell stattfand ein. Die Millenniumsgegenstände fallen in eine Felsspalte. In einem kurzen Epilog beginnt für Yugi das normale Leben. Hier endet Yu-Gi-Oh! (Yu-Gi-Oh! Duel Monsters).

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