Quando a maquiavélica Federação Comercial planeja invadir o pacífico planeta Naboo, o guerreiro Jedi Qui-Gon Jinn (Liam Neeson) e seu aprendiz Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor) embarcam em uma aventura para tentar salvar o planeta. Viajam com eles a jovem Rainha Amidala (Natalie Portman), que é visada pela Federação pois querem forçá-la a assinar um tratado político. Eles têm de viajar para os distantes planetas Tatooine e Coruscant em uma desesperada tentativa de salvar o mundo de Darth Sidious (Ian McDiarmid), o demoníaco líder da Federação que sempre surge em imagens tridimensionais (a ameaça fantasma). Durante a viagem, Qui-Gon Jinn conhece um garoto de nove anos que deseja treiná-lo para ser tornar um Jedi, pois o menino tem todas as qualidades para isto. Mas o tempo revelará que nem sempre as coisas são o que aparentam.

Dez anos após a tentativa frustrada de invasão do planeta Naboo, Obi-Wan Kenobi (Ewan McGregor), Anakin Skywalker (Hayden Christensen) e Padmé Amidala (Natalie Portman) estão juntos novamente. Neste período de tempo Obi-Wan passou de aprendiz a professor dos ensinamentos jedi para Anakin, sendo que ambos foram destacados para proteger a agora senadora Amidala, que tem sua vida ameaçada por facções separatistas da República, que ameaçam desencadear uma guerra civil intergalática. Com o passar do tempo surge um romance proibido entre Anakin e Amidala, pois os cavaleiros jedi não têm permissão para se apaixonarem